När Artdatabanken inventerade vattnen vid Måseskär 2009 registrerades 106 olika arter av ryggradslösa djur. Sex av dessa finns på Artdatabankens lista över hotade arter.

Under algbältet förekommer bland annat röd hornkorall (Swiftia rosea), solsjärnan (Crossaster papposus) och hästmusslan (Modiolus modiolus).